El riesgo oculto de la inhibición parcial: por qué algunos alimentos enmascaran la Salmonella y otros patógenos

¿Qué causa los falsos negativos en las pruebas PCR?

La PCR está diseñada para ser una técnica altamente sensible y específica, pero los propios alimentos pueden interferir:

• Ingredientes como cacao, mantequilla de cacahuete, especias o hierbas contienen compuestos que reducen la amplificación.
• Estos componentes pueden debilitar la señal PCR, especialmente cuando la contaminación es baja.

• En estos casos, una prueba puede indicar “negativo” aunque el patógeno aún esté presente.

  Este riesgo es especialmente crítico en alimentos listos para consumo o de baja humedad, donde incluso una célula de Salmonella puede persistir durante meses y provocar problemas posteriores.

 

¿Qué alimentos suelen causar inhibición?

Algunas matrices contienen inhibidores propios de su composición:

• El cacao y el chocolate: ricos en grasas y polifenoles.
• Pastas y mantequillas de frutos secos: altas en lípidos densos.
• Especias y hierbas: contienen polisacáridos, aceites esenciales y minerales.
• Alimentos ricos en proteínas: pueden secuestrar magnesio, necesario para las enzimas de la PCR.

Aunque varían en composición, todos estos alimentos reducen la eficacia de la amplificación y elevan la probabilidad de no detectar una contaminación de bajo nivel.
 

¿Cómo se manifiesta la inhibición parcial en la práctica?

La mayoría de los casos de inhibición no detienen completamente la PCR, pero debilitan la señal:

• La curva de amplificación puede aparecer normal, pero los niveles bajos de contaminantes quedan por debajo del umbral de detección.

• Esto puede dar la impresión de que la muestra está limpia, incluso cuando patógenos de bajo nivel siguen presentes.

   

¿Por qué los alimentos de baja humedad presentan un riesgo adicional?

Los alimentos con poca agua, como cacao, chocolate, pastas de frutos secos o polvos, suponen un doble reto:

• En estos ambientes, las células bacterianas pueden estar estresadas o lesionadas, recuperándose lentamente en el enriquecimiento.
• La contaminación suele existir en niveles muy bajos (a veces tan baja como una célula por cada 100 g).
• Cuando la amplificación ya está debilitada por inhibición, estos positivos marginales son los primeros en dejar de detectarse.

• Además, Salmonella puede sobrevivir durante meses o incluso años en estas matrices, aumentando el riesgo durante toda la vida útil del producto.

   

¿La dilución soluciona el problema?

Diluir el lisado de ADN antes de la PCR puede reducir la concentración de inhibidores, pero también reduce el ADN objetivo. Esto puede disminuir la sensibilidad y hacer que un resultado débil positivo se convierta en negativo.
 

¿Es mejor el enriquecimiento secundario?

Sí. El enriquecimiento secundario suele ser más eficaz que la simple dilución, ya que:

• Permite que las células lesionadas se recuperen y crezcan.
• Reduce el impacto de los inhibidores al diluirlos durante el cultivo.
• Aumenta la cantidad de ADN objetivo disponible para la PCR sin reducir la sensibilidad.

Para matrices difíciles —como cacao, chocolate o pastas de frutos secos— Hygiena ofrece opciones validadas de enriquecimiento secundario como parte del flujo de trabajo para mantener la fiabilidad del método.

¿Cómo ayudan los controles internos a prevenir falsos negativos?

Los controles internos de amplificación verifican que la reacción PCR ha funcionado correctamente. Los ensayos como BAX® System Q7 de Hygiena y foodproof® de Hygiena incluyen un control positivo en cada reacción:

• Si el control interno no se amplifica, el resultado se marca como indeterminado en lugar de negativo.
• Esto evita que la inhibición se interprete erróneamente como ausencia de patógeno.

Los controles internos aumentan la confianza en los resultados negativos.

¿Por qué es importante la validación específica de la matriz?

Cada alimento se comporta de manera distinta durante las pruebas. Por ello, organismos como AOAC, ISO, Health Canada, AFNOR, MicroVal y NordVal exigen validación en diversos tipos de matrices para asegurar resultados fiables. Los ensayos BAX y foodproof de Hygiena están validados en matrices con baja humedad, alto contenido en grasa o proteína, y otras complejas, lo que proporciona seguridad de que los resultados negativos reflejan la realidad y no un efecto de inhibición parcial.

Pasos prácticos para reducir el riesgo de inhibición

Para minimizar la inhibición y mejorar la precisión de las pruebas:

• Utilice métodos totalmente validados y adecuados para la matriz analizada.
• Asegúrese de que los ensayos incluyen controles internos de amplificación.
• Integre pasos de enriquecimiento secundario para matrices desafiantes.
• Ajuste la preparación de muestras para alimentos aceitosos, viscosos o pulverulentos.

Estas medidas refinan el flujo de trabajo y respaldan una toma de decisiones más fiable.

Conclusión: Lo que debe saber

La inhibición parcial es un factor oculto pero real en las pruebas de patógenos, especialmente en alimentos complejos o con poca humedad. Aunque no siempre detiene la reacción, puede debilitar la señal necesaria para detectar contaminaciones de bajo nivel. Mediante el uso de métodos PCR validados, controles internos y enriquecimiento específico de matriz, los laboratorios pueden reforzar la fiabilidad de sus resultados negativos.

Con las herramientas adecuadas, los laboratorios pueden confiar en los resultados en los que confían cada día.

Preguntas frecuentes (FAQ)

¿Qué es la inhibición parcial?
Es cuando componentes alimentarios reducen la amplificación de una reacción PCR sin provocar su fallo total.

¿Qué alimentos son más propensos a inhibición?
Cacao, chocolate, mantequilla de frutos secos, especias, hierbas y alimentos ricos en grasas o proteínas.

¿La dilución soluciona la inhibición?
Puede reducir los inhibidores, pero también reduce sensibilidad, lo que puede convertir positivos débiles en negativos.

¿Por qué se recomienda el enriquecimiento secundario?
Porque ayuda a las células estresadas a recuperarse y reduce el impacto de inhibidores sin perder sensibilidad.

¿Cómo detectar la inhibición antes de errores?
Usar ensayos con controles internos de amplificación que señalan posibles inhibiciones.