Les levures et les moisissures sont présentes partout et pénètrent dans les aliments par le biais d'équipements mal désinfectés ou sous forme de contaminants aéroportés. Les levures et les moisissures ont tendance à se multiplier dans les aliments lorsque les conditions de croissance bactérienne sont moins favorables, par exemple dans les aliments à faible teneur en eau, à faible pH, à forte teneur en sel, etc. Les méthodes microbiologiques classiques de détection, de quantification et d'identification des levures et des moisissures prennent beaucoup de temps, jusqu'à 14 jours. Avec les méthodes uniques de PCR en temps réel, la quantification des levures et des moisissures se fait facilement en quelques heures.